Do programu „Czyste Powietrze” wprowadzono możliwość złożenia dwóch wniosków. Celem takiego rozwiązania jest promowanie termomodernizacji budynków jako metody na zmniejszenie kosztów ogrzewania. Drugi wniosek będą mogli złożyć ci, którzy wcześniej otrzymali dofinansowanie na wymianę kotła. Możliwe będzie wówczas wykonanie, na podstawie audytu energetycznego, zarówno częściowej, jak i kompleksowej termomodernizacji budynku.
We wszystkich trzech częściach Programu, będzie można otrzymać dofinansowanie tak jak dotychczas na szereg rozwiązań służących dociepleniu budynku i wymianie źródła ciepła wraz z np. modernizacją c.o. i c.w.u., montażem wentylacji z rekuperacją oraz zamontowaniem mikroinstalacji fotowoltaicznej. W przypadku, kiedy właściciel budynku zdecyduje się na przeprowadzenie kompleksowej termomodernizacji, będzie mógł uzyskać dofinansowanie najwyższe z przysługującego mu z oferty programu „Czyste Powietrze”. Odpowiednio wyższe dofinansowanie przewidziano w każdej z trzech części Programu. Jego wielkość jest uzależniona od dochodu. Najwyższe poziomy dofinansowania, uwzględniające kompleksową termomodernizację wraz z mikroinstalacją fotowoltaiczną w poszczególnych częściach programu kształtują się do poziomu 66 tys. zł, 99 tys. zł i aż 135 tys. zł bezzwrotnej dotacji.
Przy podwyższonym dofinansowaniu próg dochodowy wzrośnie z 1564 do 1894 zł na osobę w gospodarstwie wieloosobowym i z 2189 do 2651 zł w gospodarstwie jednoosobowym. Z kolei przy najwyższym wymiarze wsparcia progi wzrosną odpowiednio z 900 do 1 090 zł w przypadku gospodarstw wieloosobowych oraz z 1260 do 1 526 zł w przypadku gospodarstw wieloosobowych. Najwyższe dofinansowanie, czyli nawet do 135 000 zł będzie można uzyskać w przypadku przeprowadzenia tzw. głębokiej, a więc kompleksowej termomodernizacji.
Wymagany będzie audyt energetyczny oraz wykonanie wszystkich elementów wskazanych w jednym z wariantów w przygotowanym audycie, który zagwarantuje zmniejszenie zużycia energii użytkowej (EU) na cele ogrzewania budynku: